Почему дополнительные выборы депутатов Государственной Думы проходят только по одномандатным избирательным округам?

Потому что 225 депутатов Госдумы  избираются по округам и 225 – по федеральным спискам. Если прекращаются полномочия депутата, избранного по списку, новые выборы не проводятся, и мандат замещается кандидатом из того же федерального списка. В действующей Государственной Думе уже замещено 14 таких мандатов.

Проведение же дополнительных выборов предусмотрено для вакантных депутатских мандатов, которые были получены по одномандатным округам. Хотя если от даты голосования до новых основных выборов остается менее одного года, то дополнительные выборы не назначаются и не проводятся.